国立がん研究センターらが遺伝性腫瘍バリアント予測モデル「U3-Nomogram」を発表──精度と公開範囲を整理
国立研究開発法人国立がん研究センターは2025年12月18日、東京大学、東京都立駒込病院、九州がんセンターとの共同研究として、がん組織のみを用いるがん遺伝子パネル検査（Tumor-onlyパネル）の結果から、遺伝性腫瘍症候群に関わる生殖細胞系列バリアントを予測する数理モデルおよび機械学習モデルを開発したと発表した。
開発されたモデルは「U3-Nomogram」と名付けられ、Webアプリケーションとして2025年11月に公開されている。研究グループは、日本人の大規模データベースを用いて算出した予測精度が、欧州臨床腫瘍学会（ESMO）の既存規準を上回ったと報告している。
Tumor-onlyパネル検査結果から生殖細胞系列バリアントを高精度に予測するモデルを開発
国立がん研究センター研究所細胞情報学分野の池上政周主任研究員らの研究グループは、国立がん研究センター中央病院、東京大学医学部附属病院、東京都立駒込病院、九州がんセンターと協力し、がん遺伝子パネル検査で検出された遺伝子バリアントが「生まれつきのもの（生殖細胞系列バリアント）」か「がん細胞内で生じたもの（体細胞バリアント）」かを予測するモデルを開発したと発表した。
研究グループは、国立がん研究センターがんゲノム情報管理センター（C-CAT）に蓄積された、がん組織と血液の双方を検査する「NCCオンコパネル」の受検者データのうち、日本人7078例を解析対象とした。腫瘍組織に含まれるがん細胞の割合を考慮した新たな指標「TAR（Tumor Allele Ratio）」と「rVAF（relative Variant Allele Frequency）」を考案し、年齢やがん種などの情報と組み合わせたロジスティック回帰モデル（ノモグラム）および機械学習モデル（LightGBM、Random Forest）を構築したという。
検証の結果、開発されたモデルの予測精度（ROC曲線のAUC）は0.96～0.97であり、既存のESMO規準（AUC0.85）や国内の小杉班規準（AUC0.88）を上回ったと報告している。決定曲線分析では、モデルを用いて確認検査の対象を絞り込むことで、1.2～1.8％の患者に追加的な純便益がもたらされる可能性があるとしている。
遺伝性腫瘍スクリーニングをめぐる既存規準との位置づけ
がん遺伝子パネル検査は、がん細胞の多数の遺伝子を一度に調べ、患者ごとに適した治療薬の候補を探索する検査であり、国内では年間2万5000例に対して実施されているという。このうち約8割は、がん組織のみを解析するTumor-onlyパネルであり、正常組織との比較を行わないため、検出されたバリアントが生殖細胞系列に由来するのか体細胞に由来するのかを判別できない場合がある。研究グループは、この判別が難しい状況の中で、確認検査の対象を選ぶ規準としてESMO規準などが参考にされてきたが、これらは日本人のデータに基づいて策定されたものではなく、日本人集団での精度に課題があったと説明している。
今回の解析では、遺伝性腫瘍に関連する32の遺伝子について、病的バリアントのうち実際に生殖細胞系列バリアントであった割合（Germline conversion rate）が全体で約10％であったことが確認された一方、がんの種類や遺伝子によってこの割合には差があり、既存規準では見逃しや過剰な検査推奨が生じ得ることが示されたという。こうした背景のもと、日本人集団に最適化された予測モデルの構築が進められた。
公開されたWebアプリケーション「U3-Nomogram」は、研究用途（Research Use Only）として設計されており、研究コミュニティにおける検証や学術利用を目的としたものであって、臨床診断や医療判断、遺伝カウンセリングの決定に用いることは想定されていないと研究グループは説明している。
事実関係の整理
- 情報の種類：がん遺伝子パネル検査データを用いた予測モデルの開発研究
- 発表元：国立がん研究センター、東京大学、東京都立駒込病院、九州がんセンター
- 対象データ：C-CATに登録されたNCCオンコパネル受検者のうち日本人7078例
- 主要指標：AUC0.96～0.97（ESMO規準0.85、小杉班規準0.88）
- 留意点：公開されたWebアプリは研究用途限定であり、臨床診断・医療判断には用いない設計とされている
参考文献
国立研究開発法人国立がん研究センター プレスリリース（2025年12月18日）
https://www.ncc.go.jp/jp/information/researchtopics/2025/1218_2/index.html
